Fue construido por iniciativa y con las riquezas del devoto mayordomo indígena Francisco Pop a principios del siglo XIX. El encargado de la construcción fue su cuñado, un alarife de San Pedro Carchá, de quien se dice que bañaba con leche los bejucos utilizados para amarrar la madera.
El conjunto arquitectónico de El Calvario presenta tres partes principales: el templo, el cementerio y las gradas de acceso.
El templo original tenía menores dimensiones porque, según la tradición, su trazo siempre era indicado milagrosamente en el lugar. Originalmente se ascendía por una vereda de barro amarillo; medio siglo después se construyeron 137 gradas y, para 1830, sus alrededores ya eran utilizados como cementerio oficial.
En 1954 concluyó una reconstrucción y ampliación gracias al apoyo económico de Rogelio Fernández. En 1961 tuvo otra intervención arquitectónica. Fue ampliado a mediados del siglo XX por un comité de vecinos y reconstruido entre 1984 y 1985.
Su consagración se realizó el 21 de junio de 1961 por el obispo de la Diócesis de la Verapaz, monseñor Fray Raymundo Martin. El primer párroco que obtuvo el título de posesión fue el padre Fray Vicente Peña y el primer bautizo se realizó el 25 de junio de 1961.