Al sur de la plaza central, en el terreno que ocupó el cabildo de Cobán, se erigió el Palacio de Gobernación. El cabildo era la institución más importante de una población durante el gobierno hispano y el de Cobán era único en el reino de Guatemala: pertenecía a una ciudad habitada principalmente por población indígena hablante del idioma Q’eqchi’.
Cuando William Brigham llegó en 1853, el edificio ya se encontraba construido. Después de 1877 fue considerado insuficiente y se demolió.
Tras la demolición se proyectó una ambiciosa obra de dos plantas, diseñada por el italiano Francisco Marchianti. Su pórtico de arquería aplicó la superposición de órdenes de la antigua Roma: toscano en el primer piso y jónico en el segundo. La construcción comenzó en 1881.
En 1884 el jefe político Luis Molina informó que se habían gastado 30 mil pesos en la construcción del primer piso. El edificio finalmente llegó a su conclusión en septiembre de 1896, quince años después de colocarse el primer cimiento.
En la obra colaboraron Rafael Villacorta, Melesio Reyes, el ingeniero Shawer, Samuel Slattery y la mano de obra de la población indígena. En 1906 se colocó una placa conmemorativa; en 1948 se reportó la necesidad de reparaciones y, ya en el siglo XXI, el Palacio fue remozado.